Транзитные перевозки составляют основу экспорта транспортных услуг Белорусской железной дороги. На их долю приходится около трети общего объема перевозок. Основными транзитными грузами являются: нефтегрузы, черные металлы, удобрения, уголь, кокс, руды железные.

Немаловажное значение в развитии транзитных перевозок занимает работа по разработке конкурентоспособных логистических схем, оптимизации плана формирования поездов и связанное с этим переключение транзитных грузопотоков с альтернативных маршрутов железных дорог соседних государств на маршруты с участием Белорусской железной дороги.

Белорусской железной дорогой осуществляются грузовые операции по переработке различных грузов, перевозимых в крытых вагонах, полувагонах, зерновозах, рефрижераторном подвижном составе и в контейнерах.

Комбинированные перевозки с участием других видов транспорта осуществляются на 247 коммерческих станциях и 56 грузовых дворах, оснащенных необходимыми техническими средствами. На Белорусской железной дороге имеется 16 контейнерных терминалов по переработке большегрузных 20-футовых контейнеров, из которых Брест-Северный, Колядичи (Минск), Витебск, Орша, Барановичи, Лида, Пинск имеют возможность перерабатывать 20-ти и 40-футовые контейнеры, а также 19 станций, перерабатывающих среднетоннажные контейнеры массой брутто 3 и 5 тонн.

Для выполнения погрузочно-разгрузочных работ и перегруза Белорусская железная дорога имеет в своем составе 4 механизированных дистанций погрузочно-разгрузочных работ, предприятия УП «Минскжелдортранс» и УП «Гомельжелдортранс», которые входят в структуру отделений дороги. Они оснащены козловыми кранами, кранами на железнодорожном ходу, малогабаритными и фронтальными ковшовыми погрузчиками.

Для обеспечения импортно-экспортных перевозок грузов пограничные перегрузочные станции Брестского железнодорожного узла обладают возможностью перегруза крупнотоннажных контейнеров, тяжеловесных, длинномерных, негабаритных и других грузов на открытом подвижном составе и в крытых вагонах.

На Белорусской железной дороге имеется также современный комплекс по переработке и хранению рефрижераторных контейнеров с поддержанием необходимого температурного режима, установлены электрокозловые краны со спредерами с нижними захватами, что позволяет перегружать косомобили, автоприцепы и др. Есть возможности приема и выдачи контейнеров с автотранспорта и дальнейшей их перевозки по железной дороге.